هنالك مبادئ تحكم الإدارة المالية للصندوق العربي لحقوق الإنسان. انطلاقاً من سياسة الشفافية التي يتبعها الصندوق، سيتم نشر موجز لتقرير تدقيق الحسابات لعام 2008 على هذا الموقع في بداية عام 2009، وسيقوم مكتب مستقل بتدقيق حسابات الصندوق.

 فيما يتعلق بالوديعة، يتبع الصندوق استراتيجيات استشمار محددة المسؤولية أخلاقياً واجتماعياً وسياسياً، بحيث سيسعى الى تجنب الاستثمار في الأعمال أو الأنشطة التي تنتهك حقوق الإنسان، بما فيها صناعات التكنولوجيا العسكرية والحربية وصناعة الأسلحة والصناعات الملوّثة للبيئة.